Les signataires de la convention AERAS ont mis en place trois instances de suivi de la Convention
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La Commission de Suivi et de Propositions (CSP)
La CSP veille à la bonne application des dispositions de la convention et qui propose des améliorations dans l'application du dispositif conventionnel.
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La Commission des Etudes et Recherches (CER)
La CER suit les progrès de la science et de la médecine dans le cadre de la convention relatives aux pathologies qui entraînent des risques aggravés de santé.
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La Commission de Médiation (CM)
La CM est chargée d'examiner les réclamations individuelles et de favoriser un règlement amiable des litiges.
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Les groupes de travail sur les situations de santé
Un groupe de travail est chargé des études de la CER. Un groupe de travail est chargé de la mise en oeuvre du "droit à l'oubli" et de la grille de référence AERAS (GRA) et rend compte à la CSP.